제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면)
① 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2012.1.26, 2013.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23>
1. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조제1항에 따라 2028년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업
2. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조의3제2항에 따라 2028년 12월 31일까지 등록한 연구소기업
② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항제1호 또는 제2호에 따른 지정 또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2022.12.31>
③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다. <신설 2010.12.27, 2016.12.20, 2018.12.24, 2025.12.23>
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자, 대통령령으로 정하는 연구개발 우수 인력 상시근로자 및 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]
3. 삭제 <2018.12.24>
④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다. <신설 2010.12.27>
⑤ 제3항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2010.12.27, 2016.12.20, 2018.12.24>
⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 및 청년 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2010.12.27, 2018.12.24>
⑦ 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2021.12.28>
1. 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 법인의 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.
2. 감면대상사업장을 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 연구개발특구 외의 지역으로 이전한 경우
⑧ 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. <신설 2021.12.28>
⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2021.12.28>
⑩ 제3항제2호에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다. <신설 2016.12.20, 2018.12.24, 2021.12.28>
〈신 설〉 3. 「국가전략기술 육성에 관한 특별법」 제9조에 따라 2030년 12월 31일까지 보유ㆍ관리하고 있거나 연구개발 중인 기술의 국가전략기술 해당 여부를 확인받은 기술육성주체
