의안번호 2213610
조세특례제한법 일부개정법률안
임이자의원 등 10인 · 발의 2025-10-15 · 기획재정위원회
대안반영폐기
제안이유 및 주요내용
현행법은 농민ㆍ어민 등의 조합원의 예탁금 이자소득에 대하여 비과세 또는 저율 분리과세의 특례를 인정하고 있으며, 조합 및 조합공동사업법인의 당기순이익에 대하여 일반 법인보다 낮은 세율을 적용하도록 규정하고 있으나, 이들 특례는 2025년 12월 31일자로 일몰 예정임. 우리 농업과 농촌은 농산물 시장 개방과 잦은 가축 질병 발생, 이상기후에 따른 생산 불안정 및 농가인구의 고려화로 인한 노동력 감소 등으로 어려움을 겪고 있으며, 농업인의 실질 소득 또한 정체되거나 감소하는 추세 속에 농업협동조합 등 상호금융기관은 금융과 유통사업을 통해 농업인 복지사업과 지역경제 유지에 중추적 역할을 담당하고 있음. 이에 농촌경제의 현실을 고려하여 비과세예탁금 특례 및 조합법인에 대한 저율과세 특례를 현행 수준으로 유지하고, 그 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장하여, 농촌지역의 경제활력 제고에 기여하고자 함(안 제72조 및 제89조의3).
출처: 열린국회정보(open.assembly.go.kr), 의안정보시스템(likms.assembly.go.kr)
진행 단계
- 접수접수 2025-10-15
- 위원회 심사소관위 회부 2025-10-16소관위 상정 2025-11-12소관위 처리 2025-11-30
- 체계자구 심사
- 본회의 심의본회의 의결 2025-12-02
- 정부이송
- 공포
처리 결과: 대안반영폐기 (종결)
신구조문대비
삭제신설·변경
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조세특례제한법 제72조
(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)1개 변경이 대비는 발의 시점에 시행 중이던 조문을 기준으로 합니다. 현행 조문과 다를 수 있습니다.현행 제72조 보기 →
발의 시점 조문(2025-10-01 시행, 법률 제21065호)
조합법인 등에 대한 법인세 과세특례제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)
①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. <개정 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.12.29, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2008.12.26, 2010.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2020.12.29, 2022.12.31>
1. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 및 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고
2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인
3. 삭제 <1999.12.28>
4. 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인
5. 「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회
6. 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인
7. 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합
8. 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합
② 제1항 각 호의 법인(제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)에는 제5조의2, 제6조, 제7조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조, 제8조의2, 제8조의3, 제10조, 제10조의2, 제12조, 제12조의2부터 제12조의4까지, 제13조, 제14조, 제19조, 제22조, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제28조, 제28조의3, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제29조의8제4항ㆍ제5항, 제30조의4, 제31조제4항부터 제6항까지, 제32조제4항, 제33조, 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제99조의9, 제102조, 제104조의14 및 제104조의15를 적용하지 아니한다. <개정 2007.12.31, 2009.5.21, 2010.3.12, 2013.1.1, 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.12.29, 2022.12.31, 2025.3.14>
③ 삭제 <2013.1.1>
④ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제4호 및 제6호에 따른 조합 및 산림조합이 2010년 12월 31일까지 「수산업협동조합의 부실예방 및 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호 및 「산림조합의 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호에 따라 재무구조개선을 위한 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 상호금융예금자보호기금으로부터 무이자로 대출받아 수산업협동조합중앙회 또는 산림조합중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 조합이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2020.2.18>
⑤ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제1호에 따른 신용협동조합 및 새마을금고 중 「신용협동조합법」 제86조의4제2항 및 「새마을금고법」 제80조의2제2항에 따른 인수조합 및 인수금고(이하 이 조에서 "인수조합등"이라 한다)가 2015년 12월 31일까지 「신용협동조합법」 제86조의4제3항 및 「새마을금고법」 제80조의2제3항에 따라 계약이전의 이행을 위하여 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 예금자보호기금 및 예금자보호준비금으로부터 무이자로 대출받아 신용협동조합중앙회 또는 새마을금고중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 인수조합등이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <신설 2013.1.1>
⑥ 제1항에 따른 조합법인 등의 기부금 및 기업업무추진비의 손금불산입액 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1, 2013.1.1, 2022.12.31>
개정안
의안 2213610제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)
①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. <개정 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.12.29, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2008.12.26, 2010.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2020.12.29, 2022.12.31>
1. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 및 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고
2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인
3. 삭제 <1999.12.28>
4. 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인
5. 「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회
6. 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인
7. 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합
8. 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합
② 제1항 각 호의 법인(제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)에는 제5조의2, 제6조, 제7조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조, 제8조의2, 제8조의3, 제10조, 제10조의2, 제12조, 제12조의2부터 제12조의4까지, 제13조, 제14조, 제19조, 제22조, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제28조, 제28조의3, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제29조의8제4항ㆍ제5항, 제30조의4, 제31조제4항부터 제6항까지, 제32조제4항, 제33조, 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제99조의9, 제102조, 제104조의14 및 제104조의15를 적용하지 아니한다. <개정 2007.12.31, 2009.5.21, 2010.3.12, 2013.1.1, 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.12.29, 2022.12.31, 2025.3.14>
③ 삭제 <2013.1.1>
④ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제4호 및 제6호에 따른 조합 및 산림조합이 2010년 12월 31일까지 「수산업협동조합의 부실예방 및 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호 및 「산림조합의 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호에 따라 재무구조개선을 위한 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 상호금융예금자보호기금으로부터 무이자로 대출받아 수산업협동조합중앙회 또는 산림조합중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 조합이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2020.2.18>
⑤ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제1호에 따른 신용협동조합 및 새마을금고 중 「신용협동조합법」 제86조의4제2항 및 「새마을금고법」 제80조의2제2항에 따른 인수조합 및 인수금고(이하 이 조에서 "인수조합등"이라 한다)가 2015년 12월 31일까지 「신용협동조합법」 제86조의4제3항 및 「새마을금고법」 제80조의2제3항에 따라 계약이전의 이행을 위하여 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 예금자보호기금 및 예금자보호준비금으로부터 무이자로 대출받아 신용협동조합중앙회 또는 새마을금고중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 인수조합등이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <신설 2013.1.1>
⑥ 제1항에 따른 조합법인 등의 기부금 및 기업업무추진비의 손금불산입액 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1, 2013.1.1, 2022.12.31>
개정지시문 원문 1건
- 자구수정제72조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2025년 12월 31일”을 “2028년 12월 31일”로 한다.검수 전
조세특례제한법 제89조의3
(조합등예탁금에 대한 저율과세 등)3개 변경이 대비는 발의 시점에 시행 중이던 조문을 기준으로 합니다. 현행 조문과 다를 수 있습니다.현행 제89조의3 보기 →
발의 시점 조문(2025-10-01 시행, 법률 제21065호)
조합등예탁금에 대한 저율과세 등제89조의3(조합등예탁금에 대한 저율과세 등)
① 농민ㆍ어민 및 그 밖에 상호 유대를 가진 거주자를 조합원ㆍ회원 등으로 하는 조합 등에 대한 예탁금으로서 가입 당시 19세 이상인 거주자가 가입한 대통령령으로 정하는 예탁금(1명당 3천만원 이하의 예탁금만 해당하며, 이하 "조합등예탁금"이라 한다)에서 2007년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 발생하는 이자소득에 대해서는 비과세하고, 2026년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 발생하는 이자소득에 대해서는 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5의 세율을 적용하며, 그 이자소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하며, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세를 부과하지 아니한다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29, 2022.12.31>
② 2027년 1월 1일 이후 조합등예탁금에서 발생하는 이자소득에 대해서는 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 9의 세율을 적용하고, 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하며, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세를 부과하지 아니한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29, 2022.12.31>
개정안
의안 2213610제89조의3(조합등예탁금에 대한 저율과세 등)
① 농민ㆍ어민 및 그 밖에 상호 유대를 가진 거주자를 조합원ㆍ회원 등으로 하는 조합 등에 대한 예탁금으로서 가입 당시 19세 이상인 거주자가 가입한 대통령령으로 정하는 예탁금(1명당 3천만원 이하의 예탁금만 해당하며, 이하 "조합등예탁금"이라 한다)에서 2007년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 발생하는 이자소득에 대해서는 비과세하고, 2029년 1월 1일부터 2029년 12월 31일까지 발생하는 이자소득에 대해서는 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5의 세율을 적용하며, 그 이자소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하며, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세를 부과하지 아니한다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29, 2022.12.31>
② 2030년 1월 1일 이후 조합등예탁금에서 발생하는 이자소득에 대해서는 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 9의 세율을 적용하고, 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하며, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세를 부과하지 아니한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29, 2022.12.31>
개정지시문 원문 3건
- 자구수정제89조의3제1항 중 “2025년 12월 31일”을 “2028년 12월 31일”로, “2026년 1월 1일부터 2026년 12월 31일”을 “2029년 1월 1일부터 2029년 12월 31일”로한다.검수 전
- 자구수정제89조의3제1항 중 “2025년 12월 31일”을 “2028년 12월 31일”로, “2026년 1월 1일부터 2026년 12월 31일”을 “2029년 1월 1일부터 2029년 12월 31일”로한다.검수 전
- 자구수정같은 조 제2항 중 “2027년 1월 1일”을 “2030년 1월 1일”로 한다.검수 전