의안번호 2212462

조세특례제한법 일부개정법률안

윤영석의원 등 11인 · 발의 2025-08-28 · 기획재정위원회

제안이유 및 주요내용

현재 농ㆍ수협ㆍ새마을금고 등 조합법인에 대해 일부 세무조정만 반영하여 20억원 이하 9%, 초과분 12%의 특례 법인세를 적용하고 있음. 이는 조합법인은 100% 농ㆍ어업인 등 지역 조합원이 출자한 협동조합으로 영농ㆍ어업용 기자재 공급, 농ㆍ어업 금융, 종자 방류 사업 등 공익사업을 통해 농ㆍ어업인 등 조합원 지원에 직접 기여하고 있음. 2024년 기준 농ㆍ업인 지원사업비는 연간 1조 6천억 원에 육박함. 특히, 지방 인구 감소로 금융사업 수익성이 악화되고 있음에도 농ㆍ수협 및 새마을 금고 등은 비수도권 지역 금융점포 3천 개 이상을 유지하며 금융 접근성을 보장하고 있음. 특히, 도시농협은 8천억 원 수준의 도농상생기금 조성하여 농촌 지역의 경제사업 손실을 보전하는 등 지역경제에도 기여하고 있음. 또한, 공익법인의 경우 공익사업 수익에 대해서는 비과세하는 상황 등을 감안하여 농ㆍ어업인, 서민 등의 조합원을 위한 다양한 사업을 실시하는 조합법인에 대해서도 저율 과세 특례를 지속할 필요가 있음. 한편, 2014년부터 과세대상 금액 20억 원에 대해 9%의 저율과세를 실시하고 있으나 그 동안의 물가상승률을 감안하여 저율과세 대상금액을 30억 원으로 조정할 필요가 있음. 이에 저율과세 특례를 2028년 12월 31일까지 연장하고 저율 과세대상 금액을 조정하여 농ㆍ어업인 등 조합원 지원, 금융포용성 강화, 지역경제 활성화라는 공익목적을 지속적으로 달성하려 함(안 제72조).

출처: 열린국회정보(open.assembly.go.kr), 의안정보시스템(likms.assembly.go.kr)

진행 단계

  1. 접수
    접수 2025-08-28
  2. 위원회 심사
    소관위 회부 2025-08-29
    소관위 상정 2025-11-12
    소관위 처리 2025-11-30
  3. 체계자구 심사
  4. 본회의 심의
    본회의 의결 2025-12-02
  5. 정부이송
  6. 공포

처리 결과: 대안반영폐기 (종결)

신구조문대비

삭제신설·변경

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조세특례제한법 제72조

(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례)2개 변경

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발의 시점 조문(2025-08-28 시행, 법률 제20357)

조합법인 등에 대한 법인세 과세특례
제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 20억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. <개정 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.12.29, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2008.12.26, 2010.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2020.12.29, 2022.12.31> 1. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 및 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인 3. 삭제 <1999.12.28> 4. 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인 5. 「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회 6. 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인 7. 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합 8. 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합 ② 제1항 각 호의 법인(제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)에는 제5조의2, 제6조, 제7조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조, 제8조의2, 제8조의3, 제10조, 제10조의2, 제12조, 제12조의2부터 제12조의4까지, 제13조, 제14조, 제19조, 제22조, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제28조, 제28조의3, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제29조의8제4항ㆍ제5항, 제30조의4, 제31조제4항부터 제6항까지, 제32조제4항, 제33조, 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제99조의9, 제102조, 제104조의14 및 제104조의15를 적용하지 아니한다. <개정 2007.12.31, 2009.5.21, 2010.3.12, 2013.1.1, 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.12.29, 2022.12.31, 2025.3.14> ③ 삭제 <2013.1.1> ④ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제4호 및 제6호에 따른 조합 및 산림조합이 2010년 12월 31일까지 「수산업협동조합의 부실예방 및 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호 및 「산림조합의 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호에 따라 재무구조개선을 위한 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 상호금융예금자보호기금으로부터 무이자로 대출받아 수산업협동조합중앙회 또는 산림조합중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 조합이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2020.2.18> ⑤ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제1호에 따른 신용협동조합 및 새마을금고 중 「신용협동조합법」 제86조의4제2항 및 「새마을금고법」 제80조의2제2항에 따른 인수조합 및 인수금고(이하 이 조에서 "인수조합등"이라 한다)가 2015년 12월 31일까지 「신용협동조합법」 제86조의4제3항 및 「새마을금고법」 제80조의2제3항에 따라 계약이전의 이행을 위하여 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 예금자보호기금 및 예금자보호준비금으로부터 무이자로 대출받아 신용협동조합중앙회 또는 새마을금고중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 인수조합등이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <신설 2013.1.1> ⑥ 제1항에 따른 조합법인 등의 기부금 및 기업업무추진비의 손금불산입액 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1, 2013.1.1, 2022.12.31>

개정안

의안 2212462
제72조(조합법인 등에 대한 법인세 과세특례) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(當期純利益)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 기업업무추진비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액 등 대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액에 100분의 9[해당금액이 30억원(2016년 12월 31일 이전에 조합법인간 합병하는 경우로서 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 조합법인의 합병등기일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도에 대하여는 40억원을 말한다)을 초과하는 경우 그 초과분에 대해서는 100분의 12]의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. <개정 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.12.29, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2008.12.26, 2010.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.12.20, 2017.12.19, 2020.12.29, 2022.12.31> 1. 「신용협동조합법」에 따라 설립된 신용협동조합 및 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고 2. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인 3. 삭제 <1999.12.28> 4. 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 및 조합공동사업법인 5. 「중소기업협동조합법」에 따라 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회 6. 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계를 포함한다) 및 조합공동사업법인 7. 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 엽연초생산협동조합 8. 「소비자생활협동조합법」에 따라 설립된 소비자생활협동조합 ② 제1항 각 호의 법인(제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)에는 제5조의2, 제6조, 제7조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조, 제8조의2, 제8조의3, 제10조, 제10조의2, 제12조, 제12조의2부터 제12조의4까지, 제13조, 제14조, 제19조, 제22조, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제28조, 제28조의3, 제29조의2부터 제29조의4까지, 제29조의8제4항ㆍ제5항, 제30조의4, 제31조제4항부터 제6항까지, 제32조제4항, 제33조, 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제99조의9, 제102조, 제104조의14 및 제104조의15를 적용하지 아니한다. <개정 2007.12.31, 2009.5.21, 2010.3.12, 2013.1.1, 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.12.29, 2022.12.31, 2025.3.14> ③ 삭제 <2013.1.1> ④ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제4호 및 제6호에 따른 조합 및 산림조합이 2010년 12월 31일까지 「수산업협동조합의 부실예방 및 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호 및 「산림조합의 구조개선에 관한 법률」 제7조제1항제3호에 따라 재무구조개선을 위한 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 상호금융예금자보호기금으로부터 무이자로 대출받아 수산업협동조합중앙회 또는 산림조합중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 조합이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2020.2.18> ⑤ 제1항을 적용하는 경우 같은 항 제1호에 따른 신용협동조합 및 새마을금고 중 「신용협동조합법」 제86조의4제2항 및 「새마을금고법」 제80조의2제2항에 따른 인수조합 및 인수금고(이하 이 조에서 "인수조합등"이라 한다)가 2015년 12월 31일까지 「신용협동조합법」 제86조의4제3항 및 「새마을금고법」 제80조의2제3항에 따라 계약이전의 이행을 위하여 자금을 지원(자금을 각 법에 따른 예금자보호기금 및 예금자보호준비금으로부터 무이자로 대출받아 신용협동조합중앙회 또는 새마을금고중앙회에 예치하고 정기적으로 이자를 받은 후 상환하는 방식의 지원을 말한다)받은 경우로서 그 자금을 기획재정부령으로 정하는 방법으로 구분하여 경리하는 경우에는 해당 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자를 당기순이익을 계산할 때 수익으로 보지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 인수조합등이 그 이자금액을 지출하고 비용으로 계상(자산 취득에 지출한 경우에는 감가상각비 또는 처분 당시 장부가액으로 계상하는 것을 말한다)한 경우에는 그 이자금액을 비용으로 보지 아니한다. <신설 2013.1.1> ⑥ 제1항에 따른 조합법인 등의 기부금 및 기업업무추진비의 손금불산입액 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1, 2013.1.1, 2022.12.31>
개정지시문 원문 2
  1. 자구수정제72조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2025년 12월 31일 이전에”를 “2028년 12월 31일 이전에”로, “해당금액이 20억원”을 “해당금액이 30억원”으로 한다.검수 전
  2. 자구수정제72조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2025년 12월 31일 이전에”를 “2028년 12월 31일 이전에”로, “해당금액이 20억원”을 “해당금액이 30억원”으로 한다.검수 전

발의자 11

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