조세특례제한법 일부개정법률안

제안이유 및 주요내용

취약한 대학의 재정을 확충하기 위하여 수익용 재산을 활용하여 재정을 보충할 수 있도록 지원할 필요성이 제기됨에 따라 수익용 재산의 재구성을 통해 수익용 재산 대체취득 시 발생하는 양도차익에 대한 과세특례 제도인 법인세 과세이연 제도는 2007년에 도입되었음. 그 내용은 수익용 기본재산을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득할 경우 양도차익 중 일정 금액에 대해 3년 거치 3년 분할 산입하는 과세이연을 할 수 있도록 하는 것임. 최근 장기화된 코로나19를 겪은 후 학생 수까지 감소하여 등록금 수입이 줄어든 사립대학들은 정부 지원 등으로 보전했으나 물가 상승에 따른 운영비 등 경상비용이 지속적으로 증가함에 따라 재정 여건은 계속 악화되고 있으므로 대학의 재정 건전화를 위해, 형식적인 과세이연에 불과한 현행 과세특례 제도를 개선할 필요성이 커지게 되었음. 이에 따라 학교법인은 학교의 교육 여건 개선에 재투자하기 위해 자체적으로 재원을 마련할 능력을 높일 필요가 있으나 현행 법령상 여러 제약 요소가 있는 상황임. 즉, 학교법인은 연간 학교회계 운영수익총액 이상의 수익용 기본재산을 갖추고 이를 통해 수익을 창출하여 학교의 운영경비를 충당할 의무가 있으므로, 학교법인이 법령에서 정하고 있는 기준만큼의 수익용 기본재산을 확보하지 못하고 있는 경우 수익용 기본재산을 처분해도 처분금은 반드시 수익용 기본재산 대체취득 용도로만 사용해야 함. 또한, 교육부는 학교법인의 수익 창출 능력을 높이기 위해 정책적으로 저수익 자산을 매각하고 고수익 자산을 취득하도록 유도하고 있으며, 수익용 기본재산이 감소하는 경우 대체취득 등을 통해 재산의 보전을 명하기도 하고 있음. 따라서 학교법인은 수익용 기본재산 매각을 통해 양도차익 등을 수익용 기본재산 대체취득에 활용하려고 하나, 양도차익에 대해 고유목적사업준비금을 설정하더라도 대체취득은 고유목적사업 외 지출에 해당하여 익금에 산입되며 이자상당액까지 함께 납부해야 하고, 과세특례를 활용하더라도 3년 거치, 3년 균분하여 익금산입하도록 하고 있어 일시적 이연에 불과할 뿐 3년 후에는 법인세 납부가 필요하여 조세 부담이 사라지지 않음. 이에 학교법인의 수익자산 대체취득 시한을 1년에서 2년으로 연장하고 대체취득한 자산을 처분할 때까지 과세이연 기간을 확대함으로써 대학의 재정 건전화와 국제경쟁력 제고를 위한 실질적인 지원이 되도록 하려는 것임(안 제104조의16제1항 및 제3항).

출처: 열린국회정보(open.assembly.go.kr), 의안정보시스템(likms.assembly.go.kr)