의안번호 2213699
조세특례제한법 일부개정법률안
안도걸의원 등 13인 · 발의 2025-10-24 · 기획재정위원회
대안반영폐기
제안이유 및 주요내용
현행법령은 「고등교육법」에 따른 학교법인이 토지 및 건물에 해당하는 수익용 기본재산을 양도하고 1년 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득하는 경우 양도차익을 해당 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 3년간 거치한 후 3년간 균분하여 익금에 산입할 수 있도록 과세특례를 두고 있음. 그런데 최근 학령인구 감소, 등록금 인상 제한, 고정지출 증가 등으로 인해 학교법인의 재정 악화가 심화되고 있으나 현행의 대체취득 요건은 학교법인이 과세이연을 활용하여 재정을 확충하는 데 제한으로 작용하고 있음. 토지의 경우 대체취득 시 수익률이 높지 않아 학교법인이 대체취득 자체를 꺼리는 경향이 있으며, 토지 및 건물은 그 특성상 1년 이내에 대체취득하는 것이 어렵고 과세이연 기간도 고정되어 있어 학교법인이 재정을 유연하게 운용하는데 제약이 됨. 이에 학교법인이 대체취득할 수 있는 수익용 기본재산을 유가증권으로 확대하고 유가증권을 제외한 수익용 기본재산에 대해서는 대체취득 기한을 기존 1년에서 2년으로 연장하며, 새롭게 취득한 수익용 기본재산이 유가증권인 경우에는 과세이연 기간을 해당 유가증권을 처분한 시점으로 변경함으로써 학교법인이 수익용 기본재산을 적절히 활용하여 재정을 건전화할 수 있도록 지원하려는 것임(안 제104조의16제1항).
출처: 열린국회정보(open.assembly.go.kr), 의안정보시스템(likms.assembly.go.kr)
진행 단계
- 접수접수 2025-10-24
- 위원회 심사소관위 회부 2025-10-27소관위 상정 2025-11-12소관위 처리 2025-11-30
- 체계자구 심사
- 본회의 심의본회의 의결 2025-12-02
- 정부이송
- 공포
처리 결과: 대안반영폐기 (종결)
신구조문대비
삭제신설·변경
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조세특례제한법 제104조의16
(대학 재정 건전화를 위한 과세특례)3개 변경이 대비는 발의 시점에 시행 중이던 조문을 기준으로 합니다. 현행 조문과 다를 수 있습니다.현행 제104조의16 보기 →
발의 시점 조문(2025-10-01 시행, 법률 제21065호)
대학 재정 건전화를 위한 과세특례제104조의16(대학 재정 건전화를 위한 과세특례)
① 「고등교육법」에 따른 학교법인이 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산(이하 "수익용 기본재산"이라 한다)을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 수익용 기본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1>
② 제1항을 적용받은 학교법인이 다른 수익용 기본재산을 취득하지 아니하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 익금에 산입하는 금액은 제33조제3항 후단을 준용한다.
③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
④ 「고등교육법」에 따른 학교법인이 발행주식총수의 100분의 50 이상을 출자하여 설립한 법인이 해당 법인에 출자한 학교법인에 출연하는 금액(이하 이 항에서 "학교법인 출연금"이라 한다)은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입한다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.1.1, 2018.12.24>
1. 해당 사업연도의 소득금액(「법인세법」 제24조에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)
2. 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 결손금의 합계액 및 같은 법 제24조에 따른 기부금(학교법인 출연금은 제외한다)의 합계액
개정안
의안 2213699제104조의16(대학 재정 건전화를 위한 과세특례)
① 「고등교육법」에 따른 학교법인이 토지, 건물, 유가증권 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산(이하 "수익용 기본재산"이라 한다)을 양도하고 양도일부터 2년(유가증권의 경우에는 1년) 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 수익용 기본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 새롭게 취득한 수익용 기본재산이 유가증권인 경우에는 해당 금액은 그 유가증권을 처분하는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하여야 하고, 그 외의 수익용 기본재산을 새롭게 취득한 경우에는 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1>
② 제1항을 적용받은 학교법인이 다른 수익용 기본재산을 취득하지 아니하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 익금에 산입하는 금액은 제33조제3항 후단을 준용한다.
③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
④ 「고등교육법」에 따른 학교법인이 발행주식총수의 100분의 50 이상을 출자하여 설립한 법인이 해당 법인에 출자한 학교법인에 출연하는 금액(이하 이 항에서 "학교법인 출연금"이라 한다)은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입한다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.1.1, 2018.12.24>
1. 해당 사업연도의 소득금액(「법인세법」 제24조에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)
2. 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 결손금의 합계액 및 같은 법 제24조에 따른 기부금(학교법인 출연금은 제외한다)의 합계액
개정지시문 원문 3건
- 자구수정제104조의16제1항 전단 중 “대통령령으로 정하는 수익용 기본재산”을 “토지, 건물, 유가증권 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산”으로, “1년”을 “2년(유가증권의 경우에는 1년)”으로한다.검수 전
- 자구수정제104조의16제1항 전단 중 “대통령령으로 정하는 수익용 기본재산”을 “토지, 건물, 유가증권 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산”으로, “1년”을 “2년(유가증권의 경우에는 1년)”으로한다.검수 전
- 자구수정같은 항 후단 중 “이 경우 해당 금액은”을 “이 경우 새롭게 취득한 수익용 기본재산이 유가증권인 경우에는 해당 금액은 그 유가증권을 처분하는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하여야 하고, 그 외의 수익용 기본재산을 새롭게 취득한 경우에는 해당 금액은”으로 한다.검수 전