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제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)

제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)

①법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30, 2017.2.7>

② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동을 말한다. <신설 2016.2.5, 2026.2.27>

③ 법 제99조의4제1항제1호가목1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <개정 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30>

1. 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역

2. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역

④ 법 제99조의4제1항제1호가목2) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <신설 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30>

1. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역

2. 「기업도시개발 특별법」 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역

⑤법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2016.2.5, 2017.2.7, 2023.2.28>

⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5>

1. 「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5, 2021.1.5>

⑧법 제99조의4제6항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12>

⑨법 제99조의4제6항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12>

⑩법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2006.6.12, 2007.6.28, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.5.4, 2010.11.2, 2016.2.5, 2025.12.30>

1. 일반주택의 토지대장 및 건축물대장

2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장

⑪법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5>

⑫농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5>

⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2019.2.12>

1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.

⑭ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 한옥"이란 각각 「건축법 시행령」 제2조제16호에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비ㆍ수선비 지원, 보존의무 등의 대상으로 해당 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5, 2021.2.17>

[본조신설 2003.12.30] [제목개정 2009.2.4]

조문 시행 2026-07-01현행 버전 시행 2026-07-01대통령령36423 (공포 2026-06-23)출처: 법제처 국가법령정보센터

시행 예정 변경 1공포된 미래 시행본 기준

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    전후 비교 — 현행 조문과 비교

    제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ①법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30, 2017.2.7> ② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동을 말한다. <신설 2016.2.5, 2026.2.27> ③ 법 제99조의4제1항제1호가목1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <개정 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30> 1. 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역 2. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 ④ 법 제99조의4제1항제1호가목2) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <신설 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30> 1. 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 2. 「기업도시개발 특별법」 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역 ⑤법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2016.2.5, 2017.2.7, 2023.2.28> ⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5> 1. 「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다) 2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역 ⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5, 2021.1.5> ⑧법 제99조의4제6항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12> ⑨법 제99조의4제6항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12> ⑩법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2006.6.12, 2007.6.28, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.5.4, 2010.11.2, 2016.2.5, 2025.12.30> 1. 일반주택의 토지대장 및 건축물대장 2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장 ⑪법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5> ⑫농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5> ⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2019.2.12> 1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다. 2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다. 3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다. ⑭ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 한옥"이란 각각 「건축법 시행령」 제2조제16호에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비ㆍ수선비 지원, 보존의무 등의 대상으로 해당 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5, 2021.2.17>

    ※ 현행 수록본과 비교한 결과입니다 — 현행 수록본 이후 이미 공포된 변경이 섞여 있을 수 있습니다.

    제개정이유 — 이 공포 전체의 이유입니다(조문별 아님)

    아래 개정이유는 「수소경제 육성 및 수소 안전관리에 관한 법률 시행령」 개정안의 것입니다

    ◇ 개정이유 탄소중립사회로의 전환을 적극적으로 지원하기 위하여 수소에너지 등 신에너지에 관한 사항을 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에서 이관하는 등의 내용으로 「수소경제 육성 및 수소 안전관리에 관한 법률」이 개정(법률 제21467호, 2026. 3. 17. 공포, 9. 18. 시행)됨에 따라, 기술개발사업 등에 드는 비용에 대한 출연금의 사용 및 관리, 설비인증을 받은 수소에너지 설비의 사용 등의 요청 근거, 설비인증을 받은 자가 가입해야 하는 보험 또는 공제의 기준 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하려는 것임. ◇ 주요내용 가. 출연금의 사용 및 관리(제16조의4 신설) 국가기관, 지방자치단체 등이 하는 기술개발사업 또는 이용ㆍ보급 사업에 드는 비용에 대한 출연금은 해당 사업 수행과 관련되는 비용 외의 용도로 사용하지 않도록 하고, 출연금을 받은 자는 별도의 계정을 만들어 관리하도록 함. 나. 수소에너지 설비 이용ㆍ보급의 촉진(제34조의18 신설) 기후에너지환경부장관은 수소에너지 설비의 이용ㆍ보급을 촉진하기 위하여 필요한 경우 관계 중앙행정기관 또는 지방자치단체에 대하여 관련 계획의 수립, 제도의 개선 또는 설비 인증을 받은 수소에너지 설비의 사용 등을 요청할 수 있도록 함. 다. 수소에너지 설비 인증을 받은 자가 가입해야 하는 보험 또는 공제의 기준 등(제34조의19 신설) 1) 수소에너지 설비 인증을 받은 자가 가입해야 하는 보험 또는 공제의 기준으로 사고당 배상한도액이 1억원 이상일 것 및 피해자 1인당 배상한도액이 1억원 이상일 것 등을 정함. 2) 수소에너지 설비 인증을 받은 자가 가입해야 하는 보험 또는 공제의 가입기간과 가입대상을 각각 설비인증기관으로부터 부여받은 인증유효기간과 설비인증을 받은 수소에너지 설비로 정함. 3) 수소에너지 설비 인증을 받은 자는 보험증서 또는 공제증서를 설비인증기관의 장에게 제출하도록 하고, 보험 또는 공제의 가입절차 등에 관하여 필요한 사항은 기후에너지환경부장관이 정하여 고시하도록 함. 라. 수소에너지 설비 기술의 국제표준화를 위한 지원 범위(제34조의20 신설) 수소에너지 설비 기술의 국제표준화를 위하여 국제표준 적합성의 평가, 상호인정의 기반 구축에 필요한 장비ㆍ시설 등의 구입비용 및 국제표준화 관련 국제협력의 추진에 드는 비용 등을 지원할 수 있도록 함. 마. 보급사업의 실시기관(제34조의22 신설) 1) 기후에너지환경부장관은 수소에너지의 이용ㆍ보급을 촉진하기 위하여 보급사업을 시행하는 경우에는 국가기관, 국공립연구기관 또는 이용ㆍ보급 관리기관 등에 해당하는 자 중에서 보급사업의 실시기관을 선정하여 시행하도록 함. 2) 기후에너지환경부장관은 보급사업을 촉진하기 위하여 필요한 경우에는 보급사업의 시행에 필요한 비용을 예산의 범위에서 보급사업 실시기관에 지원할 수 있도록 함. 바. 수소에너지 설비에 대한 사후관리(제34조의24 신설) 보급사업 실시기관의 장은 수소에너지 설비에 대한 사후관리 계획을 매년 수립ㆍ시행하도록 하고, 수소에너지 설비의 시공자는 설치한 날부터 3년 이내인 수소에너지 설비에 대하여 연 1회 이상 사후관리를 실시하도록 함. <법제처 제공>

※ 일부 규정은 부칙에 따라 조문별 시행일이 다를 수 있습니다 — 부칙 원문은 연혁에서 확인하세요.

이 조문의 개정 연혁2수집 범위: 2024-05-30(22대 국회 개원) 이후 개정분
  • 시행 2026-02-27대통령령36127일부개정제개정이유(법제처)이유·부칙 →
  • 시행 2026-01-02대통령령35947타법개정타법개정 · 제개정이유(법제처)이유·부칙 →

출처: 법제처 국가법령정보센터 · 의안 정보는 22대 국회(2024-05~) 발의분부터 제공됩니다

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